의료비 세액공제 계산은 총급여의 3%를 넘는 의료비에 공제율을 곱해 세금에서 바로 빼는 방식입니다. 공제율은 일반 의료비 15%, 미숙아·선천성이상아 의료비 20%, 난임시술비 30%이고, 본인·65세 이상·장애인 등이 아닌 가족의 의료비에는 연 700만원 한도가 붙습니다. 많은 안내 글이 의료비 합계에서 3%를 한 번에 빼는데, 소득세법은 3%를 어느 의료비에서 먼저 빼는지 순서까지 정해 두었습니다. 난임시술비가 섞이면 이 순서 때문에 공제액이 달라집니다.
확인 기준: 2026년 10월 15일. 국가법령정보센터의 소득세법 제59조의4 제2항과 소득세법 시행령 제118조의5(2026년 10월 1일 시행본) 원문을 근거로 했습니다.
의료비 세액공제 공제율과 한도 한눈에 보기
법은 의료비를 네 묶음으로 나눕니다. 묶음마다 공제율과 한도가 다르기 때문에 영수증을 먼저 이 기준으로 나눠야 계산이 맞습니다.
| 구분 | 누구의 의료비 | 공제율 | 연간 한도 |
|---|---|---|---|
| 1호 일반 | 아래 2호에 해당하지 않는 기본공제대상자 | 15% | 700만원 |
| 2호 본인 등 | 근로자 본인, 1월 1일 기준 만 6세 이하, 12월 31일 기준 만 65세 이상, 장애인, 중증·희귀난치·결핵 산정특례자 | 15% | 없음 |
| 3호 미숙아·선천성이상아 | 해당 질환 치료비 | 20% | 없음 |
| 4호 난임시술 | 보조생식술 비용과 관련 처방 의약품 | 30% | 없음 |
의료비 공제는 기본공제대상자를 위해 쓴 돈이 대상인데, 조문은 이때 나이와 소득 요건을 따지지 않는다고 적고 있습니다. 소득이 있어 인적공제에 올리지 못한 부모님이라도 다른 요건을 갖췄다면 그 의료비를 공제받을 여지가 있다는 뜻입니다. 2026년 귀속분에서 65세 이상은 1961년 12월 31일 이전 출생자입니다.
의료비 세액공제 계산 순서: 3% 미달액은 이렇게 뺍니다
조문을 그대로 계산 절차로 바꾸면 다음 4단계입니다.
- 총급여에 3%를 곱해 문턱 금액을 구합니다. 총급여 5,000만원이면 150만원입니다.
- 1호 일반 의료비에서 문턱 금액을 먼저 뺍니다. 남은 금액이 700만원을 넘으면 700만원까지만 인정합니다.
- 1호가 문턱에 못 미치면 모자란 금액을 2호 본인 등 의료비에서 뺍니다.
- 그래도 모자라면 3호 미숙아 의료비, 마지막으로 4호 난임시술비에서 뺍니다.
총급여 구간별 문턱 금액은 아래와 같습니다. 의료비 세액공제 계산을 시작하기 전에 본인 문턱부터 적어 두면 나머지 단계가 빨라집니다.
| 총급여 | 문턱 금액(3%) | 문턱을 넘긴 의료비 100만원당 세액공제(15%) |
|---|---|---|
| 3,000만원 | 90만원 | 15만원 |
| 4,000만원 | 120만원 | 15만원 |
| 6,000만원 | 180만원 | 15만원 |
| 8,000만원 | 240만원 | 15만원 |
핵심은 공제율이 가장 높은 난임시술비(30%)가 맨 마지막에 깎인다는 점입니다. 문턱 금액을 15% 묶음에서 먼저 소진하므로, 30% 묶음은 최대한 보존됩니다.
사례 1. 난임시술비가 있으면 순서 차이가 15만원
총급여 6,000만원인 근로자가 2026년에 본인 진료비 100만원과 난임시술비 400만원을 냈다고 가정합니다. 문턱 금액은 180만원입니다.
- 1호 일반 의료비가 0원이므로 미달액 180만원이 그대로 넘어갑니다.
- 2호 본인 의료비 100만원에서 100만원을 빼면 0원, 남은 미달액은 80만원입니다.
- 4호 난임시술비 400만원에서 80만원을 빼면 320만원이 남습니다.
- 세액공제: 320만원 × 30% = 96만원
만약 난임시술비에서 3%를 먼저 뺐다면 (400만원 − 180만원) × 30% = 66만원, 본인 의료비 100만원 × 15% = 15만원으로 합계 81만원이 나옵니다. 조문 순서대로 의료비 세액공제 계산을 한 96만원과 15만원 차이가 납니다. 미리 예상 환급액을 따져 볼 때 이 순서를 모르면 공제액을 적게 잡게 됩니다.
사례 2. 배우자 수술비가 700만원 한도를 넘는 경우
총급여 5,000만원 근로자의 배우자(40세, 소득 없음)가 수술비 1,000만원을 썼고, 근로자 본인 진료비는 50만원입니다.
| 단계 | 금액 |
|---|---|
| 문턱 금액(5,000만원 × 3%) | 150만원 |
| 1호 배우자 의료비 − 문턱 | 1,000만원 − 150만원 = 850만원 |
| 700만원 한도 적용 | 700만원 |
| 2호 본인 의료비 | 50만원 |
| 세액공제 | (700만원 + 50만원) × 15% = 112만5천원 |
배우자가 만 65세 이상이거나 장애인, 산정특례 대상이었다면 2호로 분류되어 한도가 사라집니다. 그 경우 공제액은 (850만원 + 50만원) × 15% = 135만원으로 22만5천원 늘어납니다. 같은 수술비라도 환자가 어느 묶음에 속하는지가 공제액을 좌우합니다.
사례 3. 실손보험금과 안경 50만원 한도
총급여 3,500만원 근로자가 만 8세 자녀 치료비로 300만원을 내고 실손보험금 180만원을 받았습니다. 본인 시력교정용 안경은 70만원에 샀습니다.
- 시행령은 실손의료보험금으로 돌려받은 금액을 의료비에서 제외하도록 정합니다. 자녀 의료비는 300만원 − 180만원 = 120만원입니다.
- 만 8세는 6세 이하 요건에 해당하지 않으므로 1호 일반 의료비입니다. 120만원 − 문턱 105만원 = 15만원.
- 안경·콘택트렌즈는 1명당 연 50만원까지만 인정됩니다. 본인 몫이므로 2호에 50만원이 들어갑니다.
- 세액공제: (15만원 + 50만원) × 15% = 9만7,500원
실손보험금을 빼지 않고 신고했다면 1호가 195만원으로 잡혀 공제액이 36만7,500원으로 부풀려집니다. 뒤늦게 보험금 수령 사실이 확인되면 차액을 다시 내야 하므로, 간소화 자료에 실손 수령액이 반영됐는지 연말정산 때 따로 대조하는 편이 안전합니다.
공제 대상이 되는 지출과 빠지는 지출
시행령 제118조의5가 정한 범위를 정리하면 다음과 같습니다.
| 인정되는 지출 | 인정 범위 |
|---|---|
| 의료기관 진찰·치료·예방 비용 | 전액 |
| 의약품(한약 포함) 구입비 | 전액 |
| 처방에 따른 의료기기 구입·임차, 장애인 보장구, 보청기 | 전액 |
| 시력교정용 안경·콘택트렌즈 | 1명당 연 50만원 |
| 장기요양급여·장애인 활동지원급여 본인부담금 | 실제 낸 금액 |
| 산후조리원 비용 | 출산 1회당 200만원 |
미용·성형수술 비용과 건강증진용 의약품 구입비는 같은 조 제2항에 따라 빠집니다. 보약이나 건강기능식품이 대표적입니다.
의료비 세액공제 계산 전에 10월에 해 둘 일
연말까지 남은 기간에 지출을 조정할 수 있는 항목은 많지 않지만, 아래 두 가지는 지금 확인할 가치가 있습니다.
- 올해 의료비 누계와 문턱 비교: 1~9월 진료비 합계가 총급여 3%에 크게 못 미치면 의료비 공제는 0원일 가능성이 높습니다. 이때는 다른 공제 항목에 신경 쓰는 편이 낫습니다.
- 가족 의료비를 누구에게 몰지 결정: 문턱 금액은 공제받는 사람의 총급여로 정해집니다. 총급여 4,000만원(문턱 120만원)인 사람과 7,000만원(문턱 210만원)인 사람이 같은 자녀 의료비를 공제받으면 문턱 차이 90만원 × 15% = 13만5천원이 달라질 수 있습니다. 다만 그 자녀를 기본공제대상자로 올린 쪽만 의료비를 공제받을 수 있습니다.
자주 묻는 질문
Q. 의료비 세액공제액이 결정세액보다 크면 남은 금액은 돌려받나요?
받지 못합니다. 조문은 산출세액에서 공제한다고 정하고 있어 낼 세금이 0원이 되면 거기서 멈춥니다. 총급여가 낮아 결정세액이 작은 근로자는 계산상 공제액 전부를 쓰지 못할 수 있습니다.
Q. 12월에 낸 병원비를 다음 해 1월에 실손보험금으로 받으면 어떻게 하나요?
시행령은 지급받은 실손의료보험금을 의료비에서 빼도록 정하고 있으므로, 보험금을 받은 시점과 관계없이 해당 의료비에 대응하는 금액을 빼야 합니다. 연말정산이 끝난 뒤에 받았다면 이미 받은 공제를 줄이는 수정 절차가 필요하므로, 구체적인 신고 방법은 국세청 상담센터(126)에 문의합니다.
Q. 산후조리원 비용은 총급여가 높아도 공제되나요?
현행 시행령 제118조의5 제1항 제7호는 출산 1회당 200만원 이내라는 금액 한도만 두고 있습니다. 쌍둥이를 한 번에 낳았어도 출산 1회이므로 한도는 200만원입니다.
근거 자료
- 국가법령정보센터, 소득세법 제59조의4 특별세액공제
- 국가법령정보센터, 소득세법 시행령 제118조의5 의료비 세액공제
