장기보유특별공제 계산 거주기간별 1주택 양도세 차이와 개편안

장기보유특별공제 계산은 “양도차익 × 공제율”이지만, 1세대 1주택은 보유 공제율(연 4%)과 거주 공제율(연 4%)을 따로 더하고, 양도가액이 12억 원을 넘으면 넘는 비율만큼만 공제와 과세를 적용합니다. 아래에서 18억 원에 파는 1주택을 예로 들면, 10년을 보유했더라도 거주가 1년이면 세금이 약 8,849만 원, 10년이면 약 1,060만 원으로 8배 넘게 벌어집니다.

확인 기준: 2026년 10월 25일 (소득세법 2026년 1월 1일 시행본, 소득세법 시행령 2026년 10월 1일 시행본, 2026년 세제개편안 정부안)

공제율 표: 일반 자산과 1세대 1주택의 차이

소득세법 제95조는 3년 이상 보유한 토지·건물에 공제를 허용하고, 공제율을 두 개의 표로 나눕니다.

표 2를 쓰려면 양도일 현재 국내 1주택이고, 보유기간 중 거주한 기간이 2년 이상이어야 합니다(시행령 제159조의4). 거주가 1년 11개월이면 표 2 전체를 쓰지 못하고 표 1로 내려갑니다. 거주 2년 이상 3년 미만 구간의 8%는 보유기간 3년 이상일 때만 붙습니다.

12억 원 넘는 1주택 장기보유특별공제 계산 순서

1세대 1주택이라도 실거래가 12억 원을 넘는 고가주택은 초과분에 세금이 붙습니다(제89조). 시행령 제160조에 따라 양도차익과 공제액 모두에 “(양도가액 − 12억 원) ÷ 양도가액”을 곱합니다.

1. 전체 양도차익을 구합니다: 양도가액 − 취득가액 − 필요경비.
2. 과세 양도차익 = 전체 양도차익 × (양도가액 − 12억) ÷ 양도가액.
3. 공제액 = 전체 양도차익 × 공제율 × 같은 비율.
4. 양도소득금액 = 2번 − 3번, 여기서 기본공제 250만 원을 뺀 금액이 과세표준입니다.
5. 과세표준에 기본세율(6~45%)을 적용하고, 지방소득세 10%를 더합니다.

사례 계산: 18억 원 주택, 보유 10년, 거주기간만 다를 때

가정: 취득가액과 필요경비 합계 8억 원, 양도가액 18억 원, 보유 10년, 취득 당시 비조정대상지역이라 비과세 판정에서 거주 요건이 없는 1주택.

• 전체 양도차익 10억 원, 안분 비율 6억 ÷ 18억 = 3분의 1
• 과세 양도차익 3억 3,333만 원

거주 3년 사례를 풀면, 과세표준 1억 5,750만 원은 1억 5천만 원 초과 구간이라 3,706만 원 + 750만 원 × 38% = 3,991만 원이 양도소득세이고, 지방소득세 399만 1천 원을 더해 4,390만 1천 원입니다. 거주를 1년에서 3년으로 늘리는 것만으로 약 4,459만 원이 줄어드는 셈입니다.

잔금일 한 달 차이로 바뀌는 공제율 경계

공제율은 “몇 년 이상 몇 년 미만” 구간으로 끊기기 때문에, 장기보유특별공제 계산에서는 잔금일이 구간 경계를 넘는지가 세액을 크게 바꿉니다. 같은 18억 원 사례로 경계 직전과 직후를 비교하면 다음과 같습니다.

세 번째 줄이 가장 큰 절벽입니다. 거주 2년을 채우는 순간 표 1에서 표 2로 바뀌면서 보유분 공제율이 20%에서 40%로 두 배가 되기 때문입니다. 매수자와 잔금일을 협의할 때 주민등록 전입일을 기준으로 경계일을 먼저 계산해 두면, 장기보유특별공제 계산 결과를 계약 단계에서 바로 반영할 수 있습니다.

다주택자는 표 1, 중과 대상이면 공제 0원

다주택자가 파는 주택은 거주했더라도 표 1(최대 30%)만 씁니다. 더 큰 차이는 중과입니다. 제95조 제2항은 제104조 제7항에 따라 세율이 가산되는 조정대상지역 다주택 주택을 공제 대상에서 아예 뺍니다.

• 시행령 제167조의10의 중과 배제는 2026년 5월 9일 양도분까지로 끝났습니다.
• 5월 9일까지 계약하고 계약금을 받은 경우, 계약일부터 4개월 안에 양도하면 배제가 유지되고, 시행령 표에 열거된 서울 21개 구와 경기 일부 지역은 6개월까지 인정됩니다.
• 6개월 지역의 마지막 잔금 시한은 5월 9일 계약분 기준 2026년 11월 9일입니다. 이날을 넘기면 중과세율과 함께 공제가 0원이 됩니다.

중과 세율 자체는 다주택자 양도소득세 중과 세율 글에서 따로 정리했습니다.

2026년 세제개편안: 2028년부터 보유 공제가 줄어드는 구조

재정경제부가 2026년 8월 3일 발표한 정부안은 주택의 보유 공제를 거주 공제로 바꾸고 한도를 새로 둡니다. 정책브리핑 자료 기준 1세대 1주택 연도별 안은 다음과 같습니다.

같은 거주 3년 사례에 대입하면, 2028년 안은 보유 20% + 거주 18% = 38%로 세금이 약 6,341만 원, 2029년 안은 거주 24%만 남아 약 8,291만 원으로 계산됩니다. 반대로 10년 거주자는 2029년에도 80%가 유지되므로 영향이 거의 없습니다. 이 개편은 국회에 제출된 정부안이라 공제율과 시행 시기가 바뀔 수 있고, 10년 이상 거주 1주택의 기본공제를 연 2,500만 원(양도가액 30억 원 이하)으로 늘리는 안도 함께 제출됐습니다.

거주기간 산정에서 자주 틀리는 부분

• 보유기간은 취득일부터 양도일까지입니다. 증여받은 주택에 이월과세가 적용되면 증여자의 취득일부터 셉니다(제95조 제4항).
• 거주기간은 주민등록상 전입일부터 전출일까지로 봅니다(시행령 제154조 제6항). 실제로 살았어도 전입하지 않은 기간은 빠집니다.
• 공동상속주택은 상속인 중 가장 오래 거주한 사람의 기간으로 판단합니다.
• 상가를 주택으로 바꿔 쓴 경우에는 주택으로 쓴 기간에만 표 2를 적용합니다(제95조 제5항·제6항).

위 사례의 장기보유특별공제 계산은 취득가액에 필요경비를 합친 단순 모형입니다. 실제 신고에서는 취득세·중개보수·자본적 지출 영수증이 필요경비로 인정되는지에 따라 양도차익이 달라지므로, 국세청 홈택스 양도소득세 모의계산에 실제 증빙 금액을 넣어 한 번 더 맞춰 보면 오차를 줄일 수 있습니다. 신고 기한은 양도일이 속한 달의 말일부터 2개월 이내입니다.

자주 묻는 질문

Q. 보유 2년, 거주 2년이면 1주택 공제를 받나요?

받지 못합니다. 제95조는 보유기간 3년 이상 자산만 공제 대상으로 하므로, 보유 2년이면 표 1·표 2 모두 0%입니다. 12억 원 이하라면 비과세로 끝나지만 넘으면 초과분 전액이 과세됩니다.

Q. 지금 팔면 개편안이 적용되나요?

2026년 양도분에는 현행 표가 그대로 적용됩니다. 정부안 기준으로도 2027년까지는 보유 4%·거주 4% 구조가 유지되고, 변화는 2028년 양도분부터 시작됩니다.

Q. 부부 공동명의면 계산이 달라지나요?

공제율은 주택 단위로 판정하므로 같습니다. 다만 양도차익이 지분대로 나뉘고 기본공제 250만 원을 각자 받으며 누진세율도 따로 적용돼, 단독명의보다 세액이 줄어드는 경우가 많습니다.

근거 자료

• 국가법령정보센터 소득세법 제95조(장기보유 특별공제액)
• 국가법령정보센터 소득세법 시행령 제160조(고가주택 양도차익 계산)
• 정책브리핑 2026년 세제개편안 주택 보유·거주 공제 표
• 정책브리핑 거주용 1주택 세제개편 정책뉴스(2026년 8월 3일)
• 정책브리핑 다주택자 양도세 중과 유예 종료 안내